Die Fachkommission Exzellenzinitiative wird vom Senat der Deutschen Forschungsgemeinschaft eingesetzt. Sie erarbeitet Empfehlungen für die Gemeinsame Kommission für die ersten beiden Förderlinien (Graduiertenschulen und Exzellenzcluster). Die Fachkommission hat vierzehn Mitglieder.
Die Strategiekommission wird von der Wissenschaftlichen Kommission des Wissenschaftsrates eingesetzt und hat zwölf Mitglieder. Sie erarbeitet Empfehlungen für die Gemeinsame Kommission für die dritte Förderlinie (Zukunftskonzepte).
Die Gemeinsame Kommission setzt sich zusammen aus der Fachkommission der DFG und der Strategiekommission des Wissenschaftsrats. Die Gemeinsame Kommission entscheidet in der Antragsskizzenphase auf der Grundlage der Empfehlungen von Fach- und Strategiekommission für alle drei Förderlinien, zu welchen Vorhaben Vollanträge vorgelegt werden können.
In der Antragsphase gibt die Gemeinsame Kommission zu den Anträgen für alle drei Förderlinien eine abschließende gemeinsame Empfehlung für den Bewilligungsausschuss Exzellenzinitiative ab.
Der Bewilligungsausschuss Exzellenzinitiative besteht aus den Mitgliedern der Gemeinsamen Kommission und den für Wissenschaft zuständigen Ministeri*nnen des Bundes und der Länder.
Der Bewilligungsausschuss entscheidet auf der Grundlage der Empfehlungen der Gemeinsamen Kommission über die Anträge.